С возвращением 15 июня 1993 года, по требованию народа, к политической власти общенационального лидера азербайджанского народа Гейдара Алиева в Азербайджанской Республике начался новый этап развития системы специальной государственной охраны. Наиболее успешные и значимые страницы истории этой системы неразрывно связаны с именем общенационального лидера Гейдара Алиева. 23 августа 1993 года общенациональный лидер Гейдар Алиев, осуществлявший полномочия Президента Азербайджанской Республики, подписал Указ № 734 «О создании Главного управления охраны высших органов государственной власти и управления Азербайджанской Республики» на базе Управления охраны высших органов государственной власти и управления и Национальной гвардии Азербайджанской Республики, созданной 25 декабря 1991 года. В соответствии с данным указом 20 сентября 1993 года были утверждены Положение и структура Главного управления охраны.

Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 6 мая 2002 года Главное управление охраны высших органов государственной власти и управления Азербайджанской Республики было переименовано в Особую службу государственной охраны Азербайджанской Республики.

Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 21 августа 2008 года 23 августа было объявлено профессиональным праздником сотрудников Особой службы государственной охраны.

16 марта 2020 года Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев подписал Указ «О совершенствовании управления в сфере особой государственной охраны». Согласно данному Указу, Особая служба государственной охраны Азербайджанской Республики была упразднена, а на её базе были созданы три государственных органа: Служба безопасности Президента Азербайджанской Республики, Государственная служба специальной связи и информационной безопасности и Государственное агентство по охране стратегических объектов Азербайджанской Республики (далее — Агентство).

Указом Президента Азербайджанской Республики от 22 декабря 2021 года были утверждены «Положение о Государственном агентстве по охране стратегических объектов Азербайджанской Республики» и его структура.

Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 24 октября 2025 года Сафаров Сардар Сулейман оглы был назначен начальником Государственного агентства по охране стратегических объектов Азербайджанской Республики.

Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 24 сентября 2024 года 16 марта было объявлено профессиональным праздником сотрудников Агентства.

Указами Президента Азербайджанской Республики от 22 октября 2024 года были утверждены «Положение об официальной эмблеме Государственного агентства по охране стратегических объектов Азербайджанской Республики» и «Положение о военной форме одежды и знаках различия военнослужащих Государственного агентства по охране стратегических объектов Азербайджанской Республики».