Xalqımızın ümummilli lideri Heydər Əliyevin xalqın tələbi ilə 1993-cü il iyunun 15-də siyasi hakimiyyətə qayıdışı ilə ölkəmizdə xüsusi dövlət mühafizəsi sahəsində də yeni mərhələ başlamışdır. Bu sistemin fəaliyyətində ən uğurlu və parlaq səhifələr məhz ulu öndər Heydər Əliyevin adı ilə bağlıdır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirən ümummilli lider Heydər Əliyev 1993-cü il avqustun 23-də Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Mühafizə İdarəsi ilə 1991-ci il dekabrın 25-də yaradılmış Azərbaycan Respublikasının Milli Qvardiyasının bazasında Azərbaycan Respublikasının Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Baş Mühafizə İdarəsinin yaradılması haqqında 23 avqust 1993-cü il 734 nömrəli Fərman imzalamış, Fərmandan irəli gələrək 1993-cü il sentyabr ayının 20-də Baş Mühafizə İdarəsinin Əsasnaməsi və strukturu təsdiq edilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2002-ci il 6 may tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikası Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Baş Mühafizə İdarəsi Azərbaycan Respublikası Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti adlanmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2008-ci il 21 avqust tarixli Sərəncamı ilə 23 avqust – Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti əməkdaşlarının peşə bayramı günü elan edilmişdir.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev 2020-ci il martın 16-da “Xüsusi dövlət mühafizəsi sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi haqqında” Fərman imzalamışdır. Fərmana əsasən, Azərbaycan Respublikasının Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti ləğv edilərək onun əsasında üç dövlət orqanı - Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Təhlükəsizlik Xidməti, Xüsusi Rabitə və İnformasiya Təhlükəsizliyi Dövlət Xidməti və Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyi (bundan sonra - Agentlik) yaradılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 22 dekabr 2021-ci il tarixli Fərmanı ilə “Azərbaycan Respublikasının Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin Əsasnamə”si və strukturu təsdiq edilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 oktyabr 2025-ci il tarixli Sərəncamı ilə Sərdar Süleyman oğlu Səfərov Azərbaycan Respublikasının Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin rəisi təyin edilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 sentyabr 2024-cü il tarixli Sərəncamı ilə 16 mart Agentliyin əməkdaşlarının peşə bayramı günü elan edilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 22 oktyabr 2024-cü il tarixli Fərmanları ilə “Azərbaycan Respublikası Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin rəsmi emblemi haqqında ƏSASNAMƏ” və “Azərbaycan Respublikası Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin hərbi qulluqçularının hərbi geyim forması və fərqləndirmə nişanları haqqında ƏSASNAMƏ” təsdiq edilmişdir.